Організація роботи Акредитаційної комісії України забезпечується Державною освітньою установою «Навчально-методичний центр з питань якості освіти» шляхом надання послуг організаційного характеру, пов’язаних з проведенням акредитації та атестації, у тому числі:

• прийом та реєстрація пакетів документів акредитаційних справ, які направляються МОН України на розгляд Акредитаційної комісії;
• підготовка всіх необхідних матеріалів для засідань експертних рад при Акредитаційній комісії, засідань Акредитаційної комісії;
• організаційне та технічне обслуговування засідань;
• обробка результатів прийнятих рішень;
• підготовка та надання аналітичної інформації до МОН України, центральних органів виконавчої влади та органів місцевого самоврядування;
• надання публічної інформації за запитами навчальних закладів, підприємств, установ, організацій та фізичних осіб;
• виготовлення сертифікатів про акредитацію, свідоцтв про атестацію;
• організація та забезпечення роботи архіву Акредитаційної комісії;
• організація фінансового супроводження процесів акредитації тощо.